Jenis sifer silang ganti termasuk sifer pagar rel (rail fence cipher; juga dikenali sebagai sifer zig-zag),[3][4] sifer silang ganti lajur (columnar transposition),[3][4] sifer laluan (route cipher),[3][4] sifer scytale (scytale cipher), sifer silang ganti berganda (double transposition),[4] dan sifer silang ganti Myszkowski (Myszkowski transposition).[4]

Sifer pagar rel

Sifer pagar rel (bahasa Inggeris: rail fence ciphercode: en is deprecated ) merupakan bentuk dalam sifer silang ganti yang mendapat nama melalui kaedahnya. Juga dikenali sebagai sifer zig-zag, sebuah teks biasa bakal disulitkan melalui abjad-abjad dalam teks biasa bakal disusun mengikut baris demi baris yang telah ditetapakan dalam kunci dan mengikut corak zig-zag. Teks biasa bakal ditulis kebawah dan menyerong secara berturut-turut kemudian bergerak ke atas apabila teks biasa tiba di bahagian ("landasan") bawah. Teks sifer yang terbentuk bakal dibaca secara melintang mengikut baris demi baris. Askara yang menyerong dianggap sebagai "pagar" manakala askara yang dibaca secara melintang dianggap sebagai "landasan atau rel".[4][5] Kunci iaitu bilangan baris yang digunakan diperlukan dalam proses persulitan dan nyahsulitan sifer pagar rel.[5]

Sebagai contoh, "WIKIPEDIA BAHASA MELAYU" bakal disulitkan dengan menggunakan kaedah sifer pagar rel, dengan kunci = 2.

W.K.P.D.A.A.A.A.E.A.U.I.I.E.I.B.H.S.M.L.Y.

Maka, teks sifer yang terhasil ialah:

WKPDAAAAEAUIIEIBHSMLY

Sifer silang ganti lajur

Dalam sifer silang ganti lajur (bahasa Inggeris: columnar transposition cipher)code: en is deprecated , sebuah teks biasa bakal disulitkan melalui menulisnya secara melintang di dalam jadual yang mendatar dengan bilangan lajur yang telah ditetapkan di dalam kunci. Kunci untuk menyahsulit teks sifer ditentukan dengan menetapkan satu perkataan. Sebagai contoh, katakan perkataan "SUNGAI" digunakan sebagai kunci. Kunci "SUNGAI" terdiri daripada enam abjad dan terdapat enam lajur perlu ada. Kemudian, pilih atur dibuat dengan mengikut susunan abjad huruf dalam kunci.[6] Dalam kes ini, susunannya ialah "5 6 4 2 1 3". Kunci amat diperlukan untuk mengukuhkan suatu teks sifer supaya tidak terbongkar. Pembacaan teks sifer menggunakan kaedah sifer silang ganti lajur dibaca secara mencancang mengikut lajur.[6]

Untuk menentukan bilangan baris yang diperlukan, rumus seperti berikut digunakan.[2]
Bilangan baris = Bilangan abjad dalam teks biasa/Bilangan abjad dalam kunci
Contoh penggunaan untuk kunci = SUNGAI, teks biasa = WIKIPEDIA PANDUAN MURID.
Bilangan baris = 21/6 = 3.5 = 4 baris

Sebagai contoh, "WIKIPEDIA PANDUAN MURID" bakal disulitkan dengan menggunakan sifer silang ganti lajur dengan kunci = SUNGAI.

S U N G A I5 6 4 2 1 3W I K I P ED I A P A ND U A N M UR I D B C D

Disebabkan terdapat tiga kotak yang lebih, maka abjad B, C dan D digunakan bagi memenuhi ruang. Kemudian, teks sifer bakal dibaca mengikut urutan lajur dari lajur satu iaitu huruf A dituruti ke lajur enam iaitu huruf U secara menegak. Teks sifer akan dicantumkan semua abjad dari lajur satu ke lajur enam, maka terhasillah:

PAMCIPNBENUDKAADWDDRIIUI